Zespół powstał w warszawskiej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu. Jeszcze dziś IPN ma podać szczegóły dotyczące zadań i pracy nowego zespołu.
Od kilku lat IPN prowadzi postępowanie w sprawie działania w MSW w latach 1956 - 1989 roku grupy wysokich rangą funkcjonariuszy, zamieszanych w około 100 przypadków tajemniczych zgonów lub zaginięć osób uznanych przez władze PRL za przeciwników politycznych.
Częścią tego postępowania jest śledztwo w sprawie kierowania zabójstwem księdza Jerzego Popiełuszki przez tak zwaną "górę" w hierarchii partyjno-państwowej w 1984 roku.
Na początku lat '80 nasiliły się represje wobec duchownych. Powstał wówczas specjalny plan działań przeciwko przedstawicielom kleru, polegający między innymi na preparowaniu fałszywych oskarżeń i dokumentów. Jedna z akcji była wymierzona przeciwko księdzu Karolowi Wojtyle.
Podobne działania podejmowano między innymi wobec księdza Jerzego Popiełuszki, prałata Henryka Jankowskiego, księży Stanisława Małkowskiego i Adolfa Chojnackiego, oraz prymasa Józefa Glempa.
