Lubelski uniwersytet z reguły nie przyznaje doktoratów honorowych swoim profesorom (wyjątkiem jest Papież). Osoby i instytucje szczególnie dla uczelni zasłużone wyróżnia medalem "Za zasługi dla KUL". Otrzymali go m.in.: Jan Paweł II, kardynał Stefan Wyszyński, o. Albert Krąpiec i Fundacja Konrada Adenauera.
- Nie było cienia wątpliwości, że takie wyróżnienie prof. Kłoczowskiemu się należy. Naszą intencją było, by otrzymał je w roku akademickim, w którym obchodzi 80. urodziny - mówi jego uczeń prof. Henryk Gapski. - To, że medal dla profesora tak jednoznacznie poparło środowisko akademickie, świadczy o tym, że pomówienia o współpracę ze służbami bezpieczeństwa PRL kierowane pod jego adresem są tylko pomówieniami.
- W ogóle o tym nie myślę i nie chciałbym o tym mówić - stwierdza prof. Kłoczowski. - W tej chwili jest taka moda na oszczerstwa. Pamiętam dokładnie rozmowę z rektorem ks. Antonim Słomkowskim 54 lata temu, gdy przyjmował mnie na KUL. Powiedział wówczas: "Nic panu nie mogę obiecać poza ogromnymi trudnościami". Więc jestem do nich przyzwyczajony i wiem, że będę je miał do końca życia. Najważniejsze, że w swoim sumieniu uważam, że w PRL prowadziliśmy bardzo niezależną linię.
Jesienią Stanisław Michalkiewicz, publicysta wydawanego w Paryżu przez Polską Misję Katolicką "Głosu Katolickiego", pomówił prof. Kłoczowskiego o "długoletnią współpracę z SB w charakterze tajnego współpracownika". Apel z protestem przeciwko insynuacjom podpisało kilkudziesięciu polskich intelektualistów. Abp Józef Życiński, metropolita lubelski, komentował: - Jeśli po latach będziemy wspominać rekord prymitywizmu moralnego III RP, to tekst Michalkiewicza ma poważne szanse, by został umieszczony na pierwszym miejscu.
