Historia biblijna toczy się równolegle z wydarzeniami współczesnymi i obejmuje również trzy dni - od środy do soboty. Głównymi bohaterami tego wątku są Piłat, Jeszua, Mateusz Lewita i Juda z Kiriatu. Świadkiem wydarzeń jest Woland, będący łącznikiem między światem opowieści biblijnej a rzeczywistością Moskwy lat 30.
Historia Jeszui tylko w głównych zarysach jest zgodna z Ewangelią (ma charakter apokryfu biblijnego). Jeszua nie ma żadnych wyznawców ani uczniów, jedynym jest Mateusz Lewita, który chodzi za Ha-Nocri, spisując jego słowa. Jeszua uważa się za wędrownego filozofa, dokonuje tylko jednego uzdrowienia - powoduje, że Piłata przestaje boleć głowa. Dla Michaiła Bułhakowa najważniejsza jest konfrontacja tchórzostwa i konformizmu (Piłat) z wiernością prawdzie (Jeszua). Piłat to uosobienie tyranii gnębiącej wolną myśl, Jeszua symbolizuje wolność. Pisarz wierzy w miłosierdzie i odpuszczenie win. Dzięki przebaczeniu Piłat zostaje uwolniony od męki, może wreszcie dokończyć przerwaną rozmowę z Jeszuą.
W planie rzeczywistości moskiewskiej odnajdujemy również opozycję oportunizmu i wolności. Prawdziwym twórcą nie jest żaden z posiadaczy legitymacji Massolitu, ale mistrz, człowiek, który naprawdę tworzy, wkładając w swoje dzieło serce. Jeszua miał właściwie dwóch uczniów: Mateusza i Piłata, który również chłonął jego filozofię. Mistrz jest spadkobiercą Jeszui, uczniem Mistrza z kolei jest Iwan Bezdomny. Myśl, podobnie jak rękopis, nigdy nie ginie. Prawdziwy twórca pozostaje wolny i uwalnia również innych. Tę naukę wynosi ze spotkania z Wolandem oraz nocnej wizyty Mistrza Iwan. Postanawia zmienić swoje życie: porzucić pozorną twórczość i zająć się poszukiwaniem prawdy. Z zakończenia powieści dowiadujemy się, że Iwan chce dokończyć opowieść o Piłacie - teraz historia staje się również jego dziełem.
Imię Piłata "piąty procurator Judei, eques Romanus, Poncjusz Piłat" jest przywołane trzykrotnie. Z rozmowy Mistrza i Iwana w szpitalu wiemy, że Mistrz tak zamierzał zakończyć swoją książkę, i istotnie tak jest. Słowa te kończą również dzieje Mistrza oraz wątek losów Bezdomnego i jednocześnie całą powieść. Bułhakow chciał podkreślić siłę mitu utrwalanego przez kolejnych kontynuatorów i uczniów oraz wyzwalającą i ocalającą moc twórczości. Gdy mistrz przyznaje się Wolandowi, że spalił swój rękopis, diabeł odpowiada: "rękopisy nie płoną" i zwraca gościowi nienaruszony tekst. Potem mistrz rozumie te słowa również symbolicznie: gdy opuszczają ostatecznie Moskwę, Małgorzata pyta go, czy zabrał powieść. Mistrz odpowiada, że jej nic potrzebuje, gdyż zna ją na pamięć. Michaił Bułhakow zwraca tu uwagę na rolę pamięci - to ludzie w swej pamięci przenoszą opowieści, wspomnień nie można zniszczyć, dzięki nim i łańcuchowi kolejnych uczniów mit trwa.
Mistrz i Małgorzata - wątek biblijny
Mistrz i Małgorzata - bibliografia
Mistrz i Małgorzata - bohaterowie
Mistrz i Małgorzata - czas i przestrzeń w powieści
Mistrz i Małgorzata - ewangelia w powieści
Mistrz i Małgorzata - gatunek literacki
Mistrz i Małgorzata - kompozycja utworu
Mistrz i Małgorzata - narracja w powieści
Mistrz i Małgorzata - wątki satanistyczne
Mistrz i Małgorzata - przejawy systemy totalitarnego
Mistrz i Małgorzata - związki utwory z tradycją literacką
