Rekrutacja na studia we wrześniu jest zorganizowana dokładnie tak samo, jak ta w lipcu, jednak nabór jest prowadzony wyłącznie na studia, na które nie zgłosiła się wystarczająca liczba osób. Również ilość miejsc jest znacznie mniejsza. Natomiast opłata rekrutacyjna jest taka sama, jak ta w lipcu.
Rekrutacja na studia we wrześniu jest prowadzona na tych kierunkach, które nie cieszyły się szczególną popularnością w pierwszej turze naboru. Na Uniwersytecie Warszawskim w zeszłym roku można było we wrześniu zapisać się m. in. na slawistykę, afrykanistykę, białorutenistykę czy iberystykę z językiem portugalskim.
Rekrutacja we wrześniu prawie zawsze dotyczy też studiów prowadzonych w trybie niestacjonarnym: tych w trybie dziennym i tych w trybie zaocznym. Również podczas tej rekrutacji nie zmienia się opłata rekrutacyjna, podobnie zresztą jak czesne przewidziane za studia.
Rekrutacja wrześniowa zaczyna się jeszcze w sierpniu - właśnie wtedy należy sprawdzić, na których kierunkach zostały wolne miejsca i do kiedy można się na nie zapisywać. Warto też zapoznać się z progami punktowymi obowiązującymi w pierwszej turze naboru i pamiętać, że we wrześniu progi te są minimalnie wyższe.
Rekrutacja we wrześniu również może zakończyć się porażką, jeśli jednak bardzo zależy nam na kierunku, na który próbowaliśmy się dostać, możemy jeszcze spróbować napisać podanie do dziekana, w którym napiszemy, dlaczego na danych studiach nam zależy. Oczywiście takie podanie nie zawsze są rozpatrywane pozytywnie, lecz zdarza się, że dziekani decydują się przyjąć większą liczbę studentów. Warto więc spróbować.