Afera szczepionkowa wybuchła pod koniec grudnia 2020 roku. Media ujawniły wówczas, że w Centrum Medycznym Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego zaszczepiono poza kolejką grupę znanych osób, w tym Krystynę Jandę, Wiktora Zborowskiego i Andrzeja Seweryna. Gdy sprawa wyszła na jaw, minister zdrowia Adam Niedzielski domagał się dymisji od rektora uczelni prof. Zbigniewa Gacionga. Ten odmówił, publikując w tej sprawie oświadczenie. Później radio RMF FM podało, że WUM został poproszony o pomoc w zużyciu rozmrożonych dawek, które mogłyby się zmarnować. W rozmowie z "Dziennikiem Gazetą Prawną" prof. Zbigniew Gaciong powiedział, że taką informację przekazała mu prezeska CM.
- Pani prezes CM, jak mówiła, odebrała telefony z NFZ i ARM z informacją, że są dodatkowe dawki szczepionki i są poszukiwane szpitale, które pomogą je zużyć z zastrzeżeniem, że trzeba je wykorzystać w ciągu dwóch dni, bo były już rozmrożone. Jak mówiła pani prezes, NFZ dopuścił elastyczne podejście do szczepień, żeby żadna dawka szczepionki nie została zmarnowana. Opierałem się na tym, co mi przekazała. (...) Nie twierdzę, że nic się nie stało. Zostałem wprowadzony w błąd przez panią prezes. Ona została wprowadzona w błąd telefonicznie. NFZ też ma bałagan - powiedział prof. Gaciong, informując, że kilkukrotnie wizytował miejsce, w którym odbywały się szczepienia i to wówczas zorientował się, że szczepieni są także aktorzy.
Prof. Gaciong stwierdził także, że jego dymisja z funkcji rektora Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego byłaby błędem, bo wpisałaby się "w narrację polityczną ukrycia, jak ten proces został zorganizowany w rzeczywistości od strony inicjatywy, przepisów i komunikacji". Stwierdził także, że minister zdrowia, który chce jego dymisji, ma do niego "inny żal" Jego zdaniem Adam Niedzielski ma mu za złe udział w konferencji prasowej okręgowej izby lekarskiej w rocznicę protestu rezydentów na terenie WUM.
- Zaproszono mnie, a potem okazało się, że to polityczna manifestacja, było wygrażanie pięściami, wysyłanie worków na zwłoki do ministerstwa. To bardzo dotknęło ministra Niedzielskiego - sam mi to mówił. Przeprosiłem wówczas ministra. Ja się nie angażuję politycznie. Mnie zależy na tym, żeby wydobyć uczelnię i nasze szpitale z kłopotów finansowych - powiedział.
O tym, że Adam Niedzielski jest mu nieprzychylny, prof. Zbigniew Gaciong pisał już w swoim oświadczeniu z dnia 12 stycznia.
"Od początku kadencji minister zdrowia Adam Niedzielski nieprzychylnie reaguje na podejmowane przeze mnie inicjatywy. Pretekstem do takich reakcji stało się m.in. przyjęcie przeze mnie zaproszenia od przewodniczącej Senackiej Komisji Zdrowia, by dołączyć do ponadpartyjnego Zespołu Doradców Komisji Zdrowia Senatu RP X kadencji. Odnoszę wrażenie, że moja dymisja zadośćuczyniłaby oczekiwaniom tych, którzy próbują mnie zdyskredytować. Wśród nich znajduje się nie tylko minister zdrowia Adam Niedzielski, lecz także osoby odpowiedzialne za nieprawidłowości, które miały miejsce na uczelni w ostatnich latach" - czytamy w dokumencie.