W maju 2020 r., po 35 latach pracy, Niedźwiecki odszedł z PR III po tym, jak oskarżono go o zmanipulowanie wyników "Listy Przebojów Trójki", w której pierwsze miejsce zajęła piosenka Kazika Staszewskiego. Władze stacji twierdzą, że w rzeczywistości piosenka "Twój ból jest lepszy niż mój" powinna się znaleźć na miejscu czwartym. Zarzucały też dziennikarzowi złamanie regulaminu, mimo że - jak później zapowiedziano - będzie on dopiero tworzony.
Jeszcze kilka tygodni temu wydawało się, że konflikt w rozgłośni uda się, choć częściowo zażegnać - z funkcji dyrektora rozgłośni odwołano bowiem Tomasza Kowalczewskiego. Zastąpił go popierany przez zespół Kuba Strzyczkowski. Jego "kadencja" nie trwała jednak długo, bowiem 20 sierpnia władze rozgłośni usunęły go ze stanowiska po zaledwie trzech miesiącach pracy.
W najnowszym wydaniu "Dużego Formatu" Niedźwiecki tak odniósł się do zwolnienia Strzyczkowskiego: "Trójki już nie ma. 20 sierpnia, w wieku 58 lat, po długiej i ciężkiej chorobie zmarł Program Trzeci Polskiego Radia" - stwierdził. "Byłem zaskoczony, że Kuba zdecydował się zostać dyrektorem. Choć, jakby się zastanowić, był jedynym, który mógł temu podołać. On się właściwie w Trójce urodził. Jesteśmy kolegami, dzwonimy do siebie. Kibicowałem mu i kolegom, którzy zostali. Mówiłem: róbcie, to jest prawie 60 lat tradycji, nie można tego zaprzepaścić" - dodał Niedźwiecki.
"Uważam, że ludzie odpowiedzialni za jego zniszczenie powinni odpowiadać za to przed sądem, tak jak się odpowiada za zniszczenie mienia. Zdemolowali przecież radio, które było ważne dla kilku pokoleń słuchaczy. Bardzo to smutne, że nikt z osób, które mają jakiś wpływ na sytuację, nie zareagował, nie powiedział tej demolce 'stop' - ocenił były dziennikarz "Trójki".
Słowa Niedźwieckiego o tym, że "osoby odpowiedzialne za zniszczenie Trójki powinny odpowiadać przed sądem", skomentował w programie "Tłit WP" Janusz Kowalski, wiceminister aktywów państwowych i poseł Solidarnej Polski.
- Marek Niedźwiecki to człowiek, który przychodził do komunistycznej Trójki w czasie stanu wojennego, jeśli dobrze pamiętam. Jest ostatnią osobą, która będzie mówiła o wolności mediów. Marek Niedźwiecki nigdy nie mówił o wolności mediów w latach 80. Chciałbym zobaczyć jego artykuły z czasów, gdy walczył z juntą [Wojciecha - red.] Jaruzelskiego. Nie. On był po tamtej stronie i nie walczył o wolne media - powiedział Kowalski.
- Przepraszam uprzejmie, ale Marek Niedźwiecki nie będzie nas pouczał, jak powinny funkcjonować wolne media. Człowiek, który ma komunistyczną, czerwoną przeszłość. Zaczynał pracę w radiu wtedy, gdy z rozgłośni wyrzucani byli ostatni dziennikarze. Myślę, że powinniśmy w końcu przestać rozmawiać o Marku Niedźwieckim, jego fobiach i frustracjach. To człowiek, który ma naprawdę bardzo nieciekawy życiorys. Szkoda, że nie był tak odważny w czasach PRL. Dziś oczywiście się mądrzy, bo utracił możliwość oddziaływania na opinię publiczną. Niech idzie na wolny rynek i pracuje, nikt mu tego nie broni. Ale niech skończy wreszcie pouczać innych - stwierdził wiceminister aktywów państwowych.
Niedźwiecki dołączył do redakcji "Trójki" w kwietniu 1982 r. i od razu rozpoczął pracę przy "Liście Przebojów". Wiceminister Kowalski nie jest pierwszym, który zaatakował dziennikarza za rzekome związki z komunistyczną władzą. W 2014 r. w rozmowie z "Wprost" Niedźwiecki przyznał, że na początku lat 80. - gdy był jeszcze związany z Radiem Łódź - został wezwany przez Służbę Bezpieczeństwa na przesłuchanie, po czym jego nazwisko trafiło na listę tajnych współpracowników. Zażądano od niego zbierania informacji o pracownikach Studenckiego Radia Żak.
"To jednodniowe przesłuchanie ciągnie się za mną do dzisiaj. W aktach widnieję jako tajny współpracownik o pseudonimie 'Bera'. Dostałem następujące zadanie: 'Proszę sprawdzić, kto to był, bo jeśli nie, to możemy spowodować, że pan nie będzie pracował w radiu. Proste?'. Wiele godzin to trwało. Ktoś wchodził, ktoś wychodził. Na koniec podpisałem protokół [...]. Potem już nikt nigdy się do mnie z tego urzędu nie odezwał. Ale w aktach coś zostało" - wspominał Niedźwiecki.