Andrzej Jacyna w latach 1999-2001 był dyrektorem Branżowej Kasy Chorych dla Służb Mundurowych, a następnie dyrektorem Szpitala Grochowskiego w Warszawie. Od maja 2005 roku do marca 2008 roku pracował jako dyrektor Mazowieckiego Oddziału Wojewódzkiego NFZ. W latach 2008-2012 pełnił funkcję zastępcy dyrektora ds. lecznictwa Samodzielnego Publicznego Szpitala Klinicznego im prof. W. Orłowskiego CMKP w Warszawie.
Od 1 lutego 2016 r. był zastępcą prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia ds. Medycznych oraz od 14 marca 2016 roku pełniącym obowiązki prezesa NFZ. 15 czerwca 2018 roku został powołany na stanowisko prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia.
Powody decyzji Jacyny nie są znane, ale - jak wyjaśnia "Gazeta Prawna" - dotychczasowy szef NFZ wielokrotnie krytykował ministra zdrowia i cały rząd. Był też krytyczny wobec lekarzy rodzinnych i środowiska rezydentów, o których mówił m.in., że "trzeba zrobić porządek z tym towarzystwem". W artykule zaznaczono jednak, że kompetencje Jacyny były dobrze oceniane przez większość środowiska lekarskiego.
Jak poinformował minister zdrowia Łukasz Szumowski, rekomendował on Jacynę premierowi Mateuszowi Morawieckiego na stanowisko doradcy.