W toku śledztwa ustalono, że wykorzystując przepisy, Zbigniew Stonoga w okresie od maja 2011 do czerwca 2013 roku wyłudził od Skarbu Państwa ponad 2 mln złotych. Miał wykorzystać fakt na korzyść spółek nabywających nieruchomości, które zyskiwały prawo do odliczeń podatkowych. - Usiłował również wyłudzić kwotę niemal 5 mln złotych, do czego jednak nie doszło w wyniku działań kontrolnych Urzędów Skarbowych - mówiła w rozmowie z PAP rzecznik Prokuratury Okręgowej Warszawa - Praga w Warszawie prokurator Katarzyna Skrzeczkowska.
Stonoga wykorzystywał również powiązane z nim spółki, które z myślą o wyłudzeniach podatków sporządzały umowy kupna i sprzedaży trzech nieruchomości. W nielegalnych działaniach brała również udział żona Stonogi, Iwona S. i dwaj mężczyźni. Następnie podejmowane miały być działania zmierzające do wyprania pieniędzy.
- W przypadku małżeństwa S. czynności te umożliwiły im kupno domu, w którym Zbigniew S. mieszkał przed ucieczką z Polski przed organami ścigania - przekazała cytowana przez Onet prokurator Skrzeczkowska.
Prokurator postawił Stonodze łącznie sześć zarzutów dotyczących oszustw lub usiłowania ich popełnienia, sześć zarzutów w sprawie wyłudzenia zwrotu podatku VAT, a także dwa zarzuty dotyczące prania pieniędzy.
W grudniu 2020 roku Sąd Rejonowy dla Warszawy Pragi-Północ wydał postanowienie o zastosowaniu wobec Stonogi środka zapobiegawczego w postaci 2-miesięcznego aresztu od chwili zatrzymania. Po ucieczce z kraju, za Stonogą wydany został już drugi Europejski Nakaz Aresztowania. Poprzedni wydał Sąd Okręgowy w Lublinie w toku postępowania dotyczącego przestępstw gospodarczych popełnionych przez Zbigniewa Stonogę.