Jan Szkodoń urodził się 19 grudnia 1946 roku w miejscowości Chyżne w województwie małopolskim. Po zdanej maturze wstąpił do Krakowskiego Seminarium Duchownego. Jak czytamy na portalu diecezja.pl święcenia prezbiteriatu otrzymał w 1970 roku z rąk kardynała Karola Wojtyły w Jabłonce.
Po święceniach pracował w Makowie Podhalańskim i Krakowie-Borku Fałęckim. Później rozpoczął studia na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, a po ich ukończeniu pracował jako sekretarz Synodu Archidiecezji Krakowskiej. W 1979 roku został mianowany ojcem duchownym Krakowskiego Seminarium Duchownego. 4 czerwca 1988 roku został konsekrowany na biskupa. Jest biskupem pomocniczym i wikariuszem generalnym Metropolity Krakowskiego oraz należy do Rady do spraw Rodziny.
W materiale "Dużego Formatu" opisana została historia Moniki, która poznała biskupa w 1998 roku, kiedy miała 15 lat. Dziewczyna uczestniczyła w pielgrzymce do Watykanu, po której biskup zaczął zapraszać ją do siebie. "Zanim zaczął mnie molestować, zjednał sobie moich rodziców" - powiedziała. Podczas spotkań duchowny miał wsuwać jej ręce pod koszulę i bieliznę.
Biskup Jan Szkodoń wydał w tej sprawie oświadczenie. "W obliczu zapowiadanych doniesień medialnych na temat mojej osoby pragnę przekazać, że zostałem przez Nuncjusza Apostolskiego w Polsce poinformowany o wszczęciu wobec mnie postępowania, które jest przewidziane prawem kanonicznym, oraz że zostały podjęte czynności i decyzje wynikające z norm wewnątrzkościelnych dotyczących biskupa" - napisano w komunikacie. Duchowny nie przyznał się do zarzutów. Wyjaśnienia w jego sprawie prowadzone będą przez Kongregację Nauki Wiary w Watykanie.