Przygotowania do uroczystości pogrzebowych, jak i sam pogrzeb papieża są związane z wieloma, pielęgnowanymi od lat tradycjami. Zgon papieża stwierdza sekretarz stanu Stolicy Apostolskiej w obecności m.in. Mistrza Papieskich Ceremonii. Zgodnie z tradycją sięgającą XI wieku, sekretarz przygotowuje akt zgonu, zdejmuje z rąk papieża pierścień Rybaka i niszczy go.
Pierścień Rybaka widoczny na prawej dłoni papieża Benedykta XVI; Częstochowa, 2006 r. Fot. Wojciech Olkuśnik / Agencja Wyborcza.pl
Dawniej następowało wówczas trzykrotne uderzenie srebrnym młoteczkiem w czoło zmarłego, przy nawoływaniach chrzcielnego imienia papieża. Kamerling - czyli biskup, który po śmierci papieża i do czasu wyboru następcy przejmuje administrację Watykanem - opieczętowuje apartament papieski i jego prywatne pokoje. To on też informuje Kardynała Wikariusza Rzymu (zarządzającego diecezją rzymską) o śmierci papieża.
Informacja o śmierci papieża ogłaszana jest "miastu i światu" (łac.: urbi et orbi). Rozbrzmiewa wówczas dzwon watykański, nazywany we Włoszech "dzwonem śmierci". Od tego momentu rozpoczynają się przygotowania do pogrzebu, zgodnie z dokumentami Stolicy Apostolskiej - konstytucją apostolską "Romano Pontifici eligendo" Pawła VI, liturgią pogrzebową "De funere Summi Pontificis" czy księgą obrzędów "Ordo Exsequiarum Romani Pontificis", która opisuje aspekty pogrzebowe na 450 stronach.
Ciało papieża zostaje poddane konserwacji, by można było je pokazać wiernym. Po zabalsamowaniu zwłoki ubierane są w czerwone szaty pontyfikalne, a na głowę zmarłego nakładana jest mitra, na szyję - paliusz, a obok ciała kładzie się pastorał - symbol władzy religijnej. Zgodnie z decyzją Jana Pawła II, ciało zmarłego papieża można wówczas sfotografować za zgodą Kamerlinga. To ma uchronić przed powtórką z 1958 roku, gdy watykański lekarz zrobił zdjęcie umierającego Piusa XII, które opublikowano w prasie.
Następnie zwłoki zostają wystawione, a naokoło trumny - w ściśle wyznaczonych miejscach, ustawiane są krzyż, mała ambona, kandelabry i klęczniki. Cześć i hołd zmarłemu oddają najpierw najbliżsi współpracownicy papieża. Po zakończeniu prywatnego pożegnania następuje uroczyste przeniesienie zwłok zmarłego do Bazyliki św. Piotra - po uprzedniej zgodzie wszystkich kardynałów. To oni ustalają dzień, godzinę i sposób przeniesienia ciała.
Zgodnie z zasadami, transport trumny przebiega w ramach procesji i towarzyszy mu śpiew chóru. Trumna znajduje się w lektyce, którą niesie dwunastu sediari pontifici - lektykarzy papieskich. Liczba ta symbolizuje 12 Apostołów. Włoskim zwyczajem jest też oklaskiwanie ciała zmarłego. Po odśpiewaniu Litanii do Wszystkich Świętych każdy wierny może pożegnać papieża w bazylice. W tym czasie kardynałowie zaczynają przygotowania zgodne z Konstytucją Apostolską.
Ciało zmarłego papieża umieszcza się w cyprysowej trumnie - cyprys symbolizuje nieśmiertelność i trwałość. Do trumny wkładany jest worek z monetami z czasów pontyfikatu danego papieża - ponadto liczba monet ma być zgodna z liczbą lat pontyfikatu. W przypadku Jana Pawła II monety zastąpiono specjalnie wybitymi medalami, które przedstawiały najważniejsze wydarzenia z pontyfikatu. Przed zamknięciem trumny do trumny wkładana jest także tuba Rogito - w której znajduje się spis najważniejszych momentów z pontyfikatu i faktów związanych z życiem papieża. Na koniec twarz zmarłego symbolicznie przykrywana jest białym, jedwabnym welonem, co ma dowodzić, że papież odszedł z tego świata. Trumna zostaje zamknięta.
Następnie trumna jest wystawiana na plac przed Bazyliką św. Piotra. Tym samym rozpoczyna się ostatni obrządek - msza święta pogrzebowa. Rozpoczyna się od orszaku koncelebrantów - kardynałów i patriarchów Kościołów Wschodnich. Mszy pogrzebowej przewodniczy dziekan Kolegium Kardynalskiego. Następnie odprawiana jest zwyczajna, tradycyjna msza pogrzebowa.
Na koniec mszy śpiewana jest Litania do Wszystkich Świętych, po której kardynał Wikariusz Rzymu podchodzi do trumny i w imieniu Wiecznego Miasta Rzymu się modli. Po nim modlą się patriarchowie Kościołów Wschodnich. Na koniec odbywa się procesja, która odprowadza trumnę do podziemi Bazyliki św. Piotra.
Trumna z ciałem składana jest w Grotach Watykańskich. Wszyscy duchowni, którzy biorą udział w tym procesie, są ubrani w czerwone szaty - w czasach antycznych i wczesnochrześcijańskich był to bowiem kolor oznaczający żałobę. Cyprysowa trumna przewiązywana jest pasami, a następie zapieczętowywana. Trumna ta wkładana jest do drugiej, większej ocynkowanej trumny z drzewa orzechowego, która zostaje pospawana, obwiązana taśmami i również zapieczętowana. - Warstwę cynku określa się czasem niesłusznie jako trzecią trumnę - mówił w 2005 roku ojciec Silvano Maggiani. Obrządek pogrzebowy kończy się wraz z podpisaniem dokumentu o złożeniu ciała papieża do grobu.