Dla Pragi ekonomia to konkurencyjność i liberalna polityka handlowa. Kolejne ważne problemy to rewizja unijnego budżetu i reforma wspólnej polityki rolnej. Podczas czeskiego przewodnictwa wejdzie w życie dyrektywa usługowa i Czesi zamierzają ją uzupełnić poprzez rozszerzenie wolności w dziedzinie przepływu usług na terenie Unii Europejskiej.
Ważnym tematem czeskiego przewodnictwa będzie polityka energetyczna - budowanie alternatywy dla nieprzewidywalnych dostaw rosyjskich. Czesi zamierzają również doprowadzić do końca dyskusję o pakiecie klimatycznym.
Priorytetem czeskiego przewodnictwa w polityce zagranicznej będzie natomiast współpraca transatlantycka, zwłaszcza zacieśnienie kontaktów gospodarczych ze Stanami Zjednoczonymi dzięki powołanej w ubiegłym roku Transatlantyckiej Radzie Gospodarczej. Praga wysłała do nowo wybranego prezydenta Baracka Obamy zaproszenie na szczyt Unii, który miałby się odbyć w Pradze 2 kwietnia przed szczytem przywódców NATO w Strasburgu. Praga domaga się, by Unia wypracowała wspólne stanowisko wobec Moskwy, ale kolejnym priorytetem czeskiego przewodnictwa będzie Partnerstwo Wschodnie. Czesi rozwiną zaproponowaną przez Szwecję i Polskę inicjatywę regionalnej współpracy Unii z sześcioma wschodnimi sąsiadami. W pierwszej połowie roku Czesi chcą zorganizować unijny szczyt z sześcioma krajami objętymi Wschodnim Partnerstwem, w tym Białorusią.
Priorytetem czeskiego przewodnictwa w polityce zagranicznej będą również Bałkany Zachodnie. Praga wspiera także finalizację negocjacji akcesyjnych z Chorwacją.