Według amerykańskich władz, był on numerem 3 w Al-Kaidzie i głównym organizatorem ataków na Word Trade Center i Pentagon oraz 30-tu innych akcji terrorystycznych. Mohammed został schwytany w 2003 roku w Pakistanie.
Przetrzymywano go w tajnych więzieniach CIA i poddawano kontrowersyjnym metodom przesłuchań, takim jak podtapianie. Akt oskarżenia Chalida Szejka Mohammeda i 4 jego współpracowników obejmuje 169 przestępstw. Jeśli wojskowy sąd uzna ich winę, całej piątce grozić będzie egzekucja.
Proces w Guantanamo obserwuje 60 dziennikarzy. Ze względów organizacyjnych amerykańskie władze nie zgodziły się by na ławach dla publiczności zasiedli przedstawiciele rodzin ofiar zamachów z 11 września. Będą oni jednak mieli możliwość śledzenia procesu za pośrednictwem zamkniętej sieci telewizyjnej w kilku amerykańskich bazach wojskowych.
W atakach na Światowe Centrum Handlu zginęły prawie 3 tysiące osób w tym ponad 300 funkcjonariuszy służb miejskich, którzy nieśli pomoc uwięzionym w budynku.
