W r. 303 na polecenie św. Grzegorza w ówczesnej stolicy państwa - mieście Waharszapat koło Erywania wzniesiono katedrę początkowo pw. Matki Bożej, przemianowaną później na św. Eczmiadzyna, czyli "Jednorodzonego, który zstąpił z nieba". Miejsce to wskazał sam św. Grzegorz, który miał widzenie, że tam właśnie, gdzie kilkadziesiąt lat wcześniej na rozkaz pogańskiego jeszcze wtedy Tyrydatesa III stracono święte dziewice Gajane, Hripsime i ich 35 towarzyszek, ma stanąć najważniejsza świątynia w państwie. Stała się ona siedzibą głowy Kościoła, wkrótce zaś nazwa katedry zastąpiła dotychczasową nazwę miasta i dziś Eczmiadzyn jest siedzibą najwyższych władz Kościoła ormiańskiego.
Na stolicy eczmiadzyńskiej zasiadało dotychczas łącznie ponad 130 hierarchów, zwanych katolikosami (od gr. katholikós - powszechny, czyli w tym wypadku: mający powszechną władzę), cieszących się wielkim szacunkiem i prestiżem w społeczeństwie. Było wśród nich wiele wybitnych jednostek, np. św. Nerses I Wielki (czyli Parthew; 353-73) zreorganizował Kościół, zwołał synod, który dokonał wielu ważnych zmian w działalności kościelnej, często obowiązujących do dziś (np. zasady wyboru biskupów i katolikosa, działalności dobroczynnej Kościoła itp.). Jednocześnie trzeba dodać, że w dziejach Kościoła ormiańskiego zdarzali się też "antykatolikosi" (m.in. w V w.), bardziej zaangażowani w walkę o władzę niż zatroskani o zbawienie dusz powierzonej sobie owczarni.
W dzisiejszych czasach wybitną postacią był zmarły 18 sierpnia 1994 r. katolikos Wazgen I (1908-94), który na stolicy eczmiadzyńskiej zasiadał prawie 40 lat (od 8 maja 1955 r.). W okresie tak długiego panowania, którego większa część przypadała na czasy sowieckie, potrafił z dużą zręcznością i rozwagą kierować Kościołem i zapewnić mu w miarę mocną pozycję zarówno w kraju, jak i w diasporze, a także w świecie. W maju 1970 r. odwiedził Watykan, gdzie spotkał się z Pawłem VI jako pierwszy zwierzchnik kościelny z ówczesnego Kraju Rad.