To najbardziej znany fakt z prokuratorskiego życia Marzeny Kowalskiej. W połowie lat 90. prowadziła pierwsze "pruszkowskie" śledztwo. W 1996 r. za wymuszenie fikcyjnego długu i paserstwo żądała dla Andrzeja K. "Pershinga" sześciu lat więzienia. Sąd - przewodniczył sprawie dzisiejszy wiceminister sędzia Andrzej Kryże - orzekł cztery lata.
Marzena Kowalska zmieni na stanowisku szefa warszawskiej apelacji Bogusława Michalskiego. Ale jej zadaniem będą porządki po czasach jego poprzednika - Zygmunta Kapusty. Za czasów tego ostatniego (2001-04) padało najwięcej zarzutów o polityczną dyspozycyjność warszawskiej prokuratury. - Ta prokuratura ma być sprawna i obiektywna - mówił wczoraj Ziobro, przypominając aferę Rywina, w której warszawska apelacja nie potrafiła ustalić, kto należał do grupy trzymającej władzę.
- Pan minister Ziobro zaproponował, aby szefem warszawskiej apelacji została pani prokurator Kowalska. Miałem z nią kontakt, kiedy była zastępcą prokuratora okręgowego w Warszawie [2001 r. - red.] i oceniam ją jako osobę, która żyła sprawami, znała każdą od podszewki. Zaproponowałem jej to stanowisko, gdy usłyszałem jej diagnozę tego, co się dzieje w Warszawie. Również pewnych układów, które są w tej prokuraturze. Mam wrażenie, że tam jest kilka ośrodków, które w jakiś sposób starają się wpływać na sprawy, wpływać na kadry, co jest niedopuszczalne - powiedział "Gazecie" prokurator krajowy Janusz Kaczmarek.
Prok. Kowalska była zastępcą szefa Prokuratury Okręgowej w Warszawie za ministra Kaczyńskiego i krótko - jego następców. Została odwołana na początku 2002 r. formalnie z powodu "złej oceny pracy nadzorowanego przez nią wydziału śledczego". Faktycznie konflikt dotyczył ręcznego sterowania prokuraturą. Kowalska - według naszych źródeł - nadzorowała śledztwo w sprawie inwigilacji prawicy. Nie chciała też zwolnić z aresztu Janusza Pineiry podejrzewanego o oszustwa finansowe, który twierdził, że z pieniędzy FOZZ finansowane było w latach 90. Porozumienie Centrum, partia braci Kaczyńskich. Naciskać miało ministerstwo. Kapusta temu wówczas zaprzeczał.