Jako przedstawiciel ludu Langi zamieszkującego północne rejony kraju nie miał wielkich szans na karierę w Ugandzie zarządzanej nie tylko przez brytyjskich kolonizatorów, ale także lokalnych królów z południa. Szansą dla młodego Obote było wykształcenie i niepodległość, którą Brytyjczycy przyznali Ugandzie w 1962 r. W niepodległej Ugandzie, w imię narodowej zgody, władza została podzielona między ludy północy i południa. Kabaka (władca) Bugandy Mutesa II został królem Ugandy, a Obote jego premierem.
Ambitny, pomysłowy i zapatrzony w idee socjalistyczne, wyjątkowo wtedy modne nie tylko w Afryce, ale w całym tzw. Trzecim Świecie, Obote uosabiał nadzieje Afryki. Szybko obalił króla Mutesę i wygnał go z kraju, a sam ogłosił się dożywotnim prezydentem. Nie znosząc krytyki, rządził jak tyran, a eksperymentując z socjalizmem, doprowadził dość zamożną Ugandę (Brytyjczycy nazywali ją "Perłą Afryki") do ruiny. Zachód wściekły na Obote za doprowadzenie Ugandy do ruiny, a przede wszystkim za jego nieustanne flirty z ZSRR i Chinami, nawet się nie oburzył, gdy w 1971 r. dowódca ugandyjskiej armii Idi Amin Dada obalił Obote i przejął władzę w kraju.
Amin doprowadził Ugandę do całkowitego upadku. Jego panowanie i wcześniejsze rządy Obote przemieniły "Perłę Afryki" w afrykańskie pola śmierci - w wyniku wojen domowych, rzezi i pogromów zginęło pół miliona ludzi.
W 1980 r. armia sąsiedniej Tanzanii najechała na Ugandę i obaliła Amina. Obote wrócił z wygnania w Tanzanii i wygrał wybory, ale część wojska wymówiła mu posłuszeństwo. W kraju wybuchła nowa wojna. A Obote po staremu zamiast szukać z nieprzyjaciółmi ugody, usiłował ich zwalczać. Na ugandyjskich polach śmierci zginęło kolejnych ćwierć miliona ludzi. W 1985 r. ugandyjscy generałowie, chcąc dogadać się przywódcami rebelii, dokonali bezkrwawego zamachu stanu i obalili Obote, który ponownie musiał się ratować ucieczką z kraju. Z drugiego wygnania, tym razem z Lusaki, nigdy już nie wrócił. Oskarżany w Ugandzie o ludobójstwo do ostatnich dni wierzył, że uda mu się wrócić i zostać prezydentem po raz trzeci. Umarł jako człowiek zgorzkniały i rozczarowany. W zeszłym roku, także na wygnaniu, umarł jego wróg i pogromca Idi Amin Dada.
