Wspólne śledztwo estońsko-szwedzko-fińskie ustaliło w 1997, że prom zatonął wskutek niedomknięcia furty, a załoga płynęła za szybko w trudnych warunkach. Z powodu śmierci winnych umorzono je.
Jednak pod koniec zeszłego roku Lennart Henriksson, emerytowany szwedzki celnik, ujawnił, że "Estonia" we wrześniu 1994 r. minimum dwa razy przewoziła rosyjski sprzęt wojskowy na wyraźny nakaz "z góry" bez odprawy celnej. Henriksson przyznał, że mimo zakazu otworzył kilka skrzyń i widział tam wojskowy sprzęt elektroniczny. Szwedzcy wojskowi potwierdzili, że istotnie 13 i 20 września "Estonia" przewoziła sprzęt wojskowy, lecz twierdzą, że 27 września, w noc zatonięcia promu, tajnych przesyłek z bronią nie było na pokładzie.
Innego zdania jest niemiecka dziennikarka Jutta Rabe, która prowadziła własne śledztwo i napisała o tym książkę. Twierdzi, że dwie ciężarówki ze sprzętem dla "Estonii" eskortowało do portu estońskie wojsko. Podobna eskorta miała czekać po stronie szwedzkiej. Przesyłka miała być dostarczona na sztokholmskie lotnisko Arlanda, a stamtąd miała trafić najprawdopodobniej do USA. Dwa samoloty, którymi miał się odbywać transport, zamówiła ambasada amerykańska w Szwecji.
Soren Lindman, szwedzki attaché wojskowy w krajach bałtyckich na początku lat 90., przyznał w mediach, że poszukiwał tam dla armii szwedzkiej broni, która pozostała po rozpadzie ZSRR. Znaleziskami dzielił się z ambasadą USA.
Według Ando Lepsa, prawnika i publicysty, elektronika wojskowa mogła pochodzić z estońskiej filii leningradzkiego Instytutu Badań Morskich w Suurpea. Instytut zajmował się akustyką, a niedaleko znajdował się poligon dla radzieckich łodzi podwodnych. Leps podejrzewa, że "Estonia" mogła przewozić urządzenia do śledzenia łodzi podwodnych w promieniu 200 km.
