W wystąpieniu pokontrolnym ministerstwo zarzuca władzom PAN nieprawidłowości w prowadzeniu ksiąg rachunkowych, przekazywanie resortowi nierzetelnych danych i nieterminowy zwrot dotacji.
"Kontrolowaną działalność w odniesieniu do prowadzenia gospodarki finansowej w Polskiej Akademii Nauk ocenia się pozytywnie z nieprawidłowościami. W ocenie uwzględniono okoliczności przedstawione przez Pana Prezesa w odpowiedzi na projekt wystąpienia pokontrolnego, w tym trudności z przeprowadzeniem zmian organizacyjnych w PAN oraz powiązane ze zmianami organizacyjnymi problemy z wdrożeniem nowego systemu finansowo-księgowego" - czytamy w podsumowaniu przeprowadzonej kontroli.
Prokuratura została też zawiadomiona o zmianie warunków rozliczenia z wykonawcą remontu budynku PAN przy ul. św. Jana w Krakowie. Zmiany zabrania Ustawa o zamówieniach publicznych.
Wiceprezes PAN Mirosława Marody nie neguje zarzutów zawartych w wynikach kontroli. "Znacząca część zaleceń w wystąpieniu odnosi się do kwestii związanych z ewidencją finansowo-księgową oraz dotyczących sprawozdawczości finansowej. Pragnę podkreślić, że błędy, jakie zostały stwierdzone w trakcie kontroli, w dużej mierze wynikały ze skomplikowanego procesu reorganizacji Akademii (...)" - napisała Marody do MNiSW.