Zawarty 23 sierpnia 1939 tajny układ między nazistowskim Berlinem a komunistyczną Moskwą przypieczętowuje podział Polski między III Rzeszę a radziecką Rosję. 28 września 1939 r. w Moskwie podpisy pod kolejnym układem, ''O granicach i przyjaźni", składają, podobnie jak miesiąc wcześniej, minister spraw zagranicznych III Rzeszy Joachim von Ribbentrop i ludowy komisarz spraw zagranicznych ZSRR Wiaczesław Mołotow.
Po inwazji Związku Radzieckiego na Polskę 17 września 1939 roku sowieci biorą do niewoli około 250 tys. polskich jeńców, w tym ponad 10 tys. oficerów. Polacy trafiają do sieci obozów internowania, utworzonych z rozkazu szefa NKWD i ludowego komisarza spraw wewnętrznych, Ławrientija Berii. Radziecka wierchuszka zaczyna się zastanawiać, co zrobić z pojmanymi Polakami. W październiku 1939 część jeńców-szeregowców wychodzi na wolność. Równocześnie jednak sowieckie władze tworzą dwa "obozy oficerskie" - w Starobielsku i Kozielsku - oraz obóz w Ostaszkowie, dla funkcjonariuszy policji, więziennictwa i Komitetu Obrony Pogranicza.
5 marca 1940 r. Biuro Polityczne KC WKP(b) podejmuje decyzję: polskich jeńców wojennych z obozów w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie i Polaków siedzących w więzieniach NKWD w przedwojennych wschodnich województwach Rzeczypospolitej trzeba wymordować. W piśmie, które wysłał do Stalina, Beria pisze: wszyscy wymienieni Polacy ''są zatwardziałymi, nierokującymi poprawy wrogami władzy sowieckiej''. Wnioskuje o rozpatrzenie ich spraw w trybie specjalnym, "z zastosowaniem wobec nich najwyższego wymiaru kary - rozstrzelanie". Dokument zawiera też stwierdzenie, że sprawy Polaków powinny być rozpatrzone pod nieobecność oskarżonych. Przedstawienie zarzutów i formalny akt oskarżenia szef NKWD uznaje za niepotrzebne. Wyroki wydawać miało formalnie Kolegium Specjalne NKWD w składzie: Iwan Basztakow, Bogdan Kobułow i Wsiewołod Mierkułow.
Sowieckie Politbiuro jednogłośnie akceptuje decyzję. Podpisują ją Stalin, Kliment Woroszyłow - marszałek i komisarz obrony ZSRR, Wiaczesław Mołotow - ludowy komisarz spraw zagranicznych i Anastas Mikojan - wiceprzewodniczący Rady Komisarzy Ludowych i komisarz handlu zagranicznego. Ręczna notatka na dokumencie głosi, że ''za'' są też Michaił Kalinin - przewodniczący Prezydium Rady Najwyższej ZSRR i Łazar Kaganowicz - wiceprzewodniczący Rady Komisarzy Ludowych.
Pod koniec lutego w obozach w Kozielsku, Ostaszkowie i Starobielsku znajduje się 6 192 policjantów i funkcjonariuszy innych polskich służb oraz 8 376 oficerów. W obozach siedzą też oficerowie rezerwy - polska inteligencja: lekarze, prawnicy, nauczyciele, inżynierowie, literaci, dziennikarze, działacze polityczni, urzędnicy państwowi, ziemianie, a także duchowni różnych wyznań. 3 kwietnia 1940 r. zaczyna się likwidacja Kozielska. Dwa dni później NKWD rozpoczyna egzekucje Polaków z obozów w Starobielsku i Ostaszkowie. Wykonawcy zbrodni potrzebują sześć tygodni, by wymordować wszystkich. 4004 osoby z Kozielska giną w Katyniu od strzału w tył głowy. 3896 więźniów Starobielska znajduje śmierć w kazamatach NKWD w Charkowie. Ich ciała sowieci grzebią na przedmieściach miasta, w Piatichatkach. 6 287 jeńców Ostaszkowa sowieccy siepacze zabijają w budynku NKWD w Kalininie (obecnie Twer). Tę grupę pogrzebano w Miednoje. Razem ginie 14 587 osób. Równocześnie sowieckie służby mordują ok. 7 300 Polaków z różnych więzień na zagarniętych przez ZSRR terenach Rzeczypospolitej. Groby 3 435 osób rozstrzelanych na Ukrainie najprawdopodobniej znajdują się w Bykowni pod Kijowem, a mogiły ok. 3,8 tys. wymordowanych na ziemiach białoruskich - prawdopodobnie w Kuropatach pod Mińskiem.
Z jeńców Kozielska, Starobielska i Ostaszkowa przeżyło tylko 448 (inne źródła podają 395). Tę grupę przewieziono do obozu przejściowego, a potem do Griazowca. Równolegle z wykonywaniem zbrodniczego rozkazu Stalina i Berii rodziny polskich jeńców padły ofiarą masowej wywózki w głąb ZSRR. Łącznie, głównie do Kazachstanu, trafiło ok. 61 tys. osób.
Poszukiwania zaginionych jeńców rząd Władysława Sikorskiego podejmuje jesienią 1941 r. ZSRR utrzymuje, że jeńcy zostali zwolnieni. 13 kwietnia 1943 r. Niemcy informują o odnalezieniu grobów w Katyniu. Berlin utrzymuje, że za wymordowanie polskich oficerów odpowiada GRU. Dokonana przez Niemców identyfikacja części zwłok potwierdza ich wersję. 15 kwietnia Moskwa odpowiada. Według radzieckiej wersji polscy jeńcy byli zatrudnieni na robotach budowlanych na zachód od Smoleńska i "wpadli w ręce niemieckich katów faszystowskich w lecie 1941 r., po wycofaniu się wojsk sowieckich z rejonu Smoleńska". "Niemieckie zbiry faszystowskie nie cofają się w tej swojej potwornej bredni przed najbardziej łajdackim i podłym kłamstwem, za pomocą którego usiłują ukryć niesłychane zbrodnie, popełnione, jak to teraz widać jasno, przez nich samych" - głosi radziecki komunikat. 17 kwietnia rząd polski na uchodźstwie zwraca się do Międzynarodowego Czerwonego Krzyża o powołanie komisji w celu zbadania grobów. Okazuje się, że wystąpili o to również Niemcy, licząc na wywołanie wśród aliantów wrażenia współpracy rządów polskiego i niemieckiego. Moskwa reaguje zgodnie z przewidywaniami Goebbelsa - zrywa stosunki z rządem Sikorskiego. We wrześniu 1943 r. Armia Czerwona zajmuje Smoleńsk. Radziecka komisja po ekshumacji 925 odpowiednio spreparowanych ciał polskich oficerów ogłasza, że winnymi zbrodni na Polakach są Niemcy. Niemal do upadku komunizmu ZSRR będzie konsekwentnie negować odpowiedzialność swojego najwyższego kierownictwa z 1941 r. za zbrodnię katyńską. Linia ZSRR miała odzwierciedlenie w propagandzie PRL.
13 kwietnia 1990 r. rządowa radziecka agencja TASS pisze, że polscy jeńcy wojenni zostali rozstrzelani przez NKWD wiosną 1940 r. Wskazuje winnych - przede wszystkim Berię. Tego samego dnia prezydent ZSRR Michaił Gorbaczow przekazuje polskiemu prezydentowi - Wojciechowi Jaruzelskiemu - kopie archiwalnych dokumentów, m.in. listy więźniów, którzy z obozu jenieckiego w Kozielsku trafili do Smoleńska oraz listy więźniów z obozu w Ostaszkowie, którzy trafili do Kalinina (dziś Twer). Jaruzelski dostaje też wykaz akt ewidencyjnych jeńców wywiezionych z obozu NKWD w Starobielsku. Michaił Gorbaczow poleca oficjalnie "wyjaśnić sprawę katyńską". Polscy i rosyjscy eksperci dokonują ekshumacji koło Miednoje i Charkowa. Linię Gorbaczowa kontynuuje Borys Jelcyn. Na polecenie prezydenta Rosji Rosjanie publikują i przekazują Warszawie kremlowskie akta, które jasno wskazują odpowiedzialnych za decyzję o wymordowaniu Polaków: Stalina, Berię, Mołotowa, Woroszyłowa, Anastasa Mikojana, Michaiła Kalinina i Łazara Kaganowicza. W 1993 roku w czasie wizyty w Polsce Jelcyn przekazuje Polsce dokumentację katyńską, a 25 sierpnia na warszawskich Powązkach składa kwiaty pod Krzyżem Katyńskim i mówi ''Wybaczcie''.
W sierpniu 2004 r. Rosjanie okazują goszczącym w Moskwie przedstawicielom IPN 160 tomów akt śledztwa i deklarują udostępnienie wszystkich do sporządzenia kopii. 30 listopada 2004 polski IPN wszczyna polskie śledztwo ws. zbrodni katyńskiej. 5 marca 2005 zamknięte zostaje z kolei śledztwo rosyjskie. 11 marca 2005 GPW ogłasza, że ''nie ma podstaw do uznania zbrodni katyńskiej za zbrodnię ludobójstwa''. Katyński mord otrzymuje zatem kwalifikację przestępstwa pospolitego - ulegającego tym samym przedawnieniu. Większość akt śledztwa zostaje utajniona - wraz z listą winnych. Akta dochodzenia liczą 183 tomy, z czego 116 objętych klauzulą tajności. 67 to materiały jawne.
W latach 2005-2010 stowarzyszenie Memoriał - rosyjska organizacja pozarządowa broniąca praw człowieka i dokumentująca stalinowskie zbrodnie - a także rodziny rozstrzelanych oficerów walczą w rosyjskich sądach - bezskutecznie - o uchylenie postanowienia GPW o umorzeniu śledztwa, odtajnienie jego akt, wznowienie dochodzenia i pośmiertną rehabilitację pomordowanych jako ofiar represji politycznych. Równolegle w rozmowach z premierem Donaldem Tuskiem - jak ujawnił 20 lutego 2008 r. szef MSZ Radosław Sikorski - Władimir Putin stwierdza, że mord w Katyniu to zbrodnia stalinowska. 27 marca 2008 r. na mocy uzgodnień między Warszawą a Moskwą rozpoczynają się prace Polsko-Rosyjskiej Grupy do Spraw Trudnych. Jednym z jej zadań jest m.in. wypracowanie uzgodnień ws. Katynia. I choć jeszcze w 2009 r. moskiewski sąd odmawia rozpatrzenia na wniosek Memoriału sprawy utajnienia umorzenia śledztwa przez NPW, to na początku 2010 r. z Moskwy dochodzą sygnały o zmianie linii Kremla w kwestii katyńskiej.
1 września 2009, przy okazji obchodów 70 rocznicy II wojny światowej, Donald Tusk i Władimir Putin pół godziny rozmawiają bez świadków na molo w Sopocie. W lutym 2010 r. Putin osobiście zaprasza Tuska do Katynia, by uczcić pamięć ofiar sowieckiego mordu. 7 kwietnia 2010 r. Putin i Tusk klękają przed pomnikiem ofiar zbrodni katyńskiej. - Taka zbrodnia nigdy nie może być usprawiedliwiona, ani zrewidowana w naszym państwie. Zapomnienie byłoby dwulicowe, jesteśmy zobowiązani do zachowania pamięci - mówi Putin.
Trzy dni później, 10 kwietnia 2010 r., w drogę do Katynia startuje polski Tu-154M, wiozący prezydenta Kaczyńskiego z małżonką, ostatniego prezydenta RP na uchodźstwie Ryszarda Kaczorowskiego oraz 93 inne osoby z najwyższych kręgów władz polskich. Maszyna rozbija się pod Smoleńskiem. W katastrofie, której nikt nie przeżył, giną też szefowie organizacji angażowanych w problematykę katyńską: Andrzej Sariusz-Skąpski - prezes Zarządu Federacji Rodzin Katyńskich, Stefan Melak - prezes Komitetu Katyńskiego, Bożena Łojek - przewodnicząca Zarządu Polskiej Fundacji Katyńskiej i o. Józef Jońca, prezes Stowarzyszenia Parafiada.
Po tragedii smoleńskiej Polacy doświadczają wielu przejawów solidarności i współczucia ze strony społeczeństwa rosyjskiego. Symbolika smoleńska w kontekście Katynia jest dla Kremla jasna. Miesiąc po katastrofie, 5 maja 2010 w wywiadzie dla ''Izwiestji'' - Dmitrij Miedwiediew stwierdza, że Katyń to przykład fałszowania historii. Prezydent Rosji opowiada się za pełnym odtajnieniem dokumentów dotyczących zbrodni katyńskich. - Ci, którzy je popełnili, powinni ponieść odpowiedzialność, niezależnie od tego, ile mają dzisiaj lat (..) Dla takich zbrodni nie ma terminu przedawnienia - mówi rosyjski przywódca. Za słowami idą czyny. 8 maja Miedwiediew przekazuje p.o. prezydenta RP Bronisławowi Komorowskiemu 67 tomów akt śledztwa. Są to jednak tomy jawne. Później z Moskwy przychodzą kolejne partie materiałów, w tym 70 tomów akt opatrzonych klauzulą ''do użytku służbowego''. A 26 listopada 2010 r. rosyjska Duma Państwowa w uchwale uznaje mord na polskich oficerach wiosną 1940 r. za zbrodnię reżimu stalinowskiego.
Dotychczas, na polecenie Dmitrija Miedwiediewa, Rosja przekazała Polsce 137 ze 183 tomów akt katyńskiego śledztwa. W rosyjskich rękach wciąż jest 10 tomów akt z adnotacją "do użytku służbowego" i 36 tomów z klauzulami "tajne" i "ściśle tajne". Utajnione pozostaje też postanowienie Głównej Prokuratury Wojskowej FR o umorzeniu śledztwa. Kolejną część akt dotyczących katyńskiej zbrodni Rosjanie przekazali Polsce 7 kwietnia. Szef głównego zarządu międzynarodowej współpracy prawnej Prokuratury Generalnej FR, Saak Karapetjan poinformował, że przekazywane tomy zawierają wnioski śledczych do Głównego Centrum Informacyjnego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych FR, zaświadczenia dotyczące wyroków karnych i dane o miejscach pochówku polskich jeńców. Wśród przekazanych materiałów są również takie, które nosiły klauzulę tajności. - Kolejne tomy będą przekazywane sukcesywnie, w miarę postępu prac nad odtajnianiem - powiedział. Rosji zostało jeszcze do przekazania 35 tomów katyńskich akt.
Polskie śledztwo trwa.