W obsadzie filmu znaleźli się m.in.: Jerzy Stuhr (jako Witkacy), Maciej Stuhr, Ewa Błaszczyk, Ewa Dałkowska, Andrzej Chyra, Mariusz Benoit, Karolina Gruszka, Olgierd Łukaszewicz, Wojciech Pszoniak, Ewa Kasprzyk i Krzysztof Stroiński.
Reżyser Jacek Koprowicz zaznaczył, że "Mistyfikacji" nie należy traktować jako filmowej biografii Witkacego. - Nie zamierzałem realizować filmu biograficznego - powiedział Koprowicz, który wyreżyserował "Mistyfikację" - z akcją osadzoną w 1969 roku - na podstawie własnego scenariusza.
Reżyser przypomniał, że okoliczności samobójstwa Witkacego są bardzo tajemnicze. Nie znaleziono zwłok artysty, a współuczestniczka zdarzenia, ukochana Witkacego Czesława Oknińska, właściwie nieboszczyka nie widziała, ponieważ straciła przytomność podczas własnej próby samobójczej, gdy usiłowała odebrać sobie życie razem z Witkacym.
W scenariuszu "Mistyfikacji" nie ma jasnego stwierdzenia, że Stanisław Ignacy Witkiewicz upozorował swoje samobójstwo i przeżył wojnę. - W to, że Witkacy żyje wierzą niektórzy z bohaterów tego filmu, a wiara ta wynika z różnych powodów - powiedział Koprowicz.
Postaci, które są przekonane, iż Witkacy pod koniec lat 60. wciąż przebywa wśród żywych to w filmie Czesława Oknińska oraz młody funkcjonariusz
SB Jakub Łazowski.
Akcja "Mistyfikacji" rozgrywa się rok po wydarzeniach Marca'68. Łazowski (w jego roli Maciej Stuhr), były student filologii, wydalony z uczelni za udział w manifestacjach studenckich, zostaje zwerbowany do współpracy z SB. Na studiach Łazowski pisał pracę magisterską o kobietach w życiu Witkacego. Jako esbek, usiłuje wykorzystać wiedzę o artyście w swoich śledczych działaniach. Dla SB schwytanie Witkacego - w ocenie służb: wroga komunistycznego ustroju - byłoby wielkim sukcesem.
Śledztwo Łazowskiego - powoli zamieniające się w obsesję - rozpoczyna się w Zakopanem. Tam były student spotyka kobietę, która była niegdyś kochanką Witkacego. Zuza - grana przez Karolinę Gruszkę - pokazuje Łazowskiemu kartki pocztowe podpisane przez Witkacego. Zdaniem Łazowskiego, wynika z nich, że artysta wcale nie umarł i że jest więziony przez inną spośród swoich kobiet, Czesławę Oknińską.
Łazowski obserwuje mieszkanie Oknińskiej na warszawskim Żoliborzu. Podsłuchuje rozmowy kobiety. Słyszy wówczas, że Oknińska cały czas przemawia do Witkiewicza. Łazowski dochodzi do prostego wniosku, że autor "Szewców" jest w tym mieszkaniu obecny. Tymczasem u Czesławy lekarze diagnozują guza mózgu i oceniają, że kobieta może mieć urojenia. Czesława wciąż widzi Witkacego (Jerzy Stuhr) w swoim mieszkaniu.
Łazowski w ramach swojego śledztwa zaczyna interesować się także wdową po Witkacym, Jadwigą Witkiewiczową (gra ją Ewa Dałkowska), mieszkającą w Warszawie.
Następnie akcja filmu wybiega prawie 20 lat w przyszłość - do roku 1988. Do Polski z Ukrainy sprowadzone zostają kości człowieka, uznane za szczątki Witkacego. Ogląda je stryjeczny wnuk artysty, śpiewak operowy Maciej Witkiewicz (Olgierd Łukaszewicz). Zaskoczony, dochodzi do wniosku, że nie mogą to być szczątki Witkacego - z uwagi na pewne cechy kości. Mimo protestów krewnego, w Zakopanem odbywa się pogrzeb Witkacego, z bardzo uroczystą oprawą. Szczątki zostają złożone w grobie na cmentarzu na Pęksowym Brzyzku.