Habyarimana została zatrzymana w swoim domu w Courcouronnes, na południe od Paryża, na mocy rwandyjskiego nakazu aresztowania. Była pierwsza dama wyszła z aresztu za kaucją tego samego dnia, ale nadal znajduje się pod dozorem
policyjnym.
Wiadomość o zatrzymaniu spotkała się z radością w Rwandzie. Aresztowanie nastąpiło kilka dni po oficjalnej wizycie francuskiego prezydenta Nicolasa Sarkozy'ego w tym afrykańskim kraju.
Była "głównym architektem ludobojstwa" Habyarimanie jest dłuższego czasu ścigana przez prokuratorów z Rwandy, którzy twierdzą, że była "głównym architektem" ludobójstwa.
W 1994 roku około 800 tys. osób, głownie etnicznych Tutsi, zostało zamordowanych przez radykalnych członków plemienia Hutu. Do ludobójstwa doszło po zestrzeleniu samolotu w którym podróżował prezydent Rwandy Juvenal Habyarimana. Po śmierci męża Agathe Habyarimana poprosiła o pomoc władze francuskie. Początkowo mieszkała w Kongo, później przeniosła się do Francji.
Twierdzi, że zajmowała się tylko domem i rodziną W 2004 roku
Francja odrzuciła jej wniosek o przyznanie azylu politycznego, argumentując, że funkcjonowała w centrum reżimu odpowiedzialnego za ludobójstwo. Habyarimana złożyła apelację, ale również została ona odrzucona przez sąd. Wdowa po prezydencie twierdziła, że nie miała żadnej realnej władzy w państwie i zajmowała się jedynie domem i rodziną, ale sąd na podstawie zeznań świadków i dokumentów ustalił, że miała faktyczną władzę.
Rwanda oskarżała Francję zbrojenie i szkolenie wojskowe bojówek Hutu, które dokonały masakry. Podczas ostatniej wizyty prezydent Sarkozy przyznał, że jego kraj "popełnił błędy". - Cierpieliśmy na jakąś ślepotę - mówił Sarkozy o "zbyt późnej i zbyt słabej" interwencji w celu zapobieżenia zbrodniom.
Nie jest pewne, czy Habyarimana zostanie wydalona do Rwandy. W przeszłości francuskie sądy orzekały, że podejrzani nie mogą liczyć na sprawiedliwy proces w swojej ojczyźnie.
Prawnik reprezentujący byłą pierwszą damę powiedział, że będzie ona sprzeciwiać się ekstradycji i "jeśli musi być postawiona przed sądem niech to będzie międzynarodowy lub francuski trybunał".