Określenia, które uraziły Kobylańskiego, padły w książce "Strefa zdekomunizowana", która jest wywiadem-rzeką z Radosławem Sikorskim. Sikorski nazywa w niej biznesmena "antysemitą i typem spod ciemnej gwiazdy" i mówi, że "
IPN rozważał postawienie Kobylańskiemu zarzutu o szmalcownictwo w czasie II wojny światowej".
"Dziennik Polski" podaje, że Kobylański wytoczy polskiemu ministrowi proces cywilny. Będzie się domagał 200 tys. zł na rzecz Ruchu Obrony Życia im. ks. Jerzego Popiełuszki oraz zamieszczenia sprostowania na pierwszej stronie "Rzeczpospolitej", "Gazety Wyborczej" i "Naszego Dziennika". W sprostowaniu ma się znaleźć przeproszenie Kobylańskiego "za oszczerczą i znieważającą wypowiedź" o nim.
Kobylański jest prezesem Polonii Latynoamerykańskiej i wieloletnim sponsorem Radia Maryja. W latach 1989-2000 był honorowym konsulem Polski w Argentynie. Po oskarżeniach o działania szkodliwe dla Polski i antysemityzm, wysuwanych przez byłych ambasadorów RP Jarosława Gugałę i Ryszarda Schnepfa, funkcji tej pozbawił go Władysław Bartoszewski. W 2007 roku Sikorski wydał ambasadorom pisemny zakaz kontaktów z Kobylańskim.
Zarzut kolaboracji z hitlerowcami postawili Kobylańskiemu dziennikarze "Gazety Wyborczej" i "Rzeczpospolitej". Miał on wydać w ręce gestapo członków rodziny Szenkerów.
W marcu 2007 r. Andrzej Arseniuk, rzecznik prasowy IPN, zaprzeczył stwierdzeniom, że Kobylański jest winny denuncjacji rodziny żydowskiej.