Z aktu oskarżenia wynika, że Lipiec miał jako minister uzależniać od korzyści majątkowej powołanie Tadeusza M. na wiceszefa Centralnego Ośrodka Sportu oraz że przyjął od niego co najmniej 100 tys. zł. Ponadto Lipca oskarżono o to, że w 2006 - jako minister - przekroczył uprawnienia, bo polecił Tadeuszowi M. fikcyjne zatrudnienie pewnego człowieka jako swego kierowcy, za co płacił mu więcej, niż kierowca zarabiać powinien.
Z kolei jeszcze jako szef warszawskiego ośrodka sportu i rekreacji, Lipiec w latach 2004-2005 miał zażądać 170 tys. zł łapówki za realizację umowy na remont lodowiska na Stegnach. Kwotę tę zdaniem prokuratora otrzymał. I jako szef OSiR, i jako minister miał też Lipiec polecić podwładnym fikcyjne zatrudnienie opiekunki swojego dziecka, za co wypłacono jej 34 tys zł. Ponadto w latach 2006-2007 Lipiec jako minister miał nakazać zatrudnienie w COS osobę do działu obsługi stadionu X-lecia, choć miał on być zlikwidowany.
Tomasz Lipiec nie przyznał się do stawianych mu zarzutów.