Klasyfikacja strzelców Ligi Mistrzów 2008/2009 »Panathinaikos był 19. razy mistrzem Grecji, w sezonie 1963-64 w drodze po tytuł nie przegrał żadnego meczu. Szesnastokrotnie zdobywał również Puchar Grecji.
Największym sukcesem Panathinaikosu w europejskich pucharach było dojście do finału Pucharu Europy w 1971 r., w którym ateński klub przegrał 0:2 z FC Liverpoolem.
Zielono-białe barwy przywdziewało wielu znanych piłkarzy z Grecji i z zagranicy. Wśród nich jest napastnik "Koniczynek" Krzysztof Warzycha, który w 390 meczach zdobył dla nich 288 goli i jest to rekord w historii klubu. Barw Panathinaikosu bronili również m.in. bramkarz Krzysztof Wandzik, napastnik Emanuel Olisadebe, a klub trenowali Kazimierz Górski i Jacek Gmoch.
Wszystkie finały Pucharu Europy i Ligi Mistrzów »Panaithinaikos w LM 2008/2009Faza grupowa:Panathinaikos - Inter 0:2, Anorthosis - Panaithinaikos 3:1, Panaithinaikos - Werder 2:2, - Werder - Panaithinaikos 0:3, Inter - Panaithinaikos 0:1, Panathinaikos - Anorthosis 1:0.
1/8: Villarreal - Pnanthinaikos 1:1, Panathinaikos - Villarreal 2:2.
Skład Panaithinaikosu| nr | zawodnik |
| bramkarze | . |
| 1. | Mario Galinović |
| 30. | Alexandros Tzorvas |
| 33. | Orestis Karnezis |
| obrońcy | . |
| 2. | Bryce Moon |
| 3. | José Sarriegi |
| 6. | Christos Melissis |
| 8. | Giannis Goumas |
| 19. | Gabriel |
| 23. | Simao |
| 24. | Loukas Vintra |
| 31. | Nikos Spiropoulos |
| pomocnicy | . |
| 4. | Marcelo Mattos |
| 7. | Sotiris Ninis |
| 15. | Gilberto |
| 21. | Giorgos Karagounis |
| 22. | Alexandros Tziolis |
| 27. | Andreas Ivanschitz |
| 29. | Mikael Nilsson |
| napastnicy | . |
| 5. | Ante Rukavina |
| 9. | Rodrigo Souza |
| 10. | Cleyton |
| 14. | Dimitris Salpingidis |
| 17. | Lazaros Hristodoulopoulos |
| 26. | Vangelis Mantzios |
| 28. | Antonis Petropoulos |
| lista rezerwowa | . |
| 16. | Stefanos Siontis (o) |
| 32. | Nikolaos Pantidos (o) |
| 34. | Panagiotis Vlachos (o) |
| 35 | Argyrios Samios (p) |